Efter at han i den første film valgte den røde pille og dermed accepterede sin skæbne som den udvalgte, fortsætter Neo sin kamp mod maskinerne. Neo og hans oprørsgruppe finder ud af, at Zion er ved at blive opdaget og ødelagt. Sammen med flere andre tager Neo, Trinity og Morpheus tilbage til Matrix for at forhindre Zions ødelæggelse og menneskehedens udslettelse. Her møder de stor modstand fra bl.a. Agent Smith, der imidlertid har klonet sig selv i uhyggeligt stort antal. For at finde styrken til at kæmpe mod maskinerne må Neo endnu en gang opsøge Oraklet!, I den anden Matrix-film har Neo ca. 72 timer til at ødelægge de 250.000 sonder, der skal udslette menneskeheden. Samtidig skal han redde Trinity fra det mørke, han drømmer, at hun bliver fortæret af., I den anden Matrix-film har Neo 72 timer til at reagere og udføre sin mission. Samtidig skal han redde Trinity fra en mørk skæbne. Sci fi-eventyr med Keanu Reeves.