Japans schreckliche Vergangenheit wiederholt sich 50 Jahre nach dem erstmaligen Auftauchen von Godzilla, denn die Riesen-Echse ist zurück und richtet erneut Zerstörung und Chaos an. Doch Mothra und King Gidorah stellen sich ihm entgegen und bald ist der Kampf der urzeitlichen Titanen in vollem Gange.